перебирать имена файлов и изменять их

Question

Цель моего скрипта - перебрать все файлы с расширением .bam и запустить на них исполняемый файл. Я хочу, чтобы имя выходной папки было измененной версией имени файла .bam.

Вот мой текущий код:

for file in *.bam
do
 echo $file
 fq="" # this shouldnt be nessesary if that next asignmemt was working
 # do something on "$file"
 fq=$file | awk -F '[p]' '{print $1}' 
 echo "${fq}"
 fq="${fq}_Kolla_fastqs"
 echo "${fq}"

#./bamtofastq-1.2.0 $file $fq #exicutable to run later once the variable saving works

готово

done

Это мой результат:

E14se_1_possorted.bam
E14se_1_

_Kolla_fastqs
E14se_2_possorted.bam
E14se_2_

_Kolla_fastqs
E16se_1_possorted.bam
E16se_1_

_Kolla_fastqs
E16se_2_possorted.bam
E16se_2_

_Kolla_fastqs
E16se_3_possorted.bam
E16se_3_

_Kolla_fastqs
P1se_1_possorted.bam
P1se_1_

_Kolla_fastqs
P1se_2_possorted.bam
P1se_2_

_Kolla_fastqs
P1se_3_possorted.bam
P1se_3_

_Kolla_fastqs
P1se_4_possorted.bam
P1se_4_

_Kolla_fastqs
P7se_4_possorted.bam
P7se_4_

_Kolla_fastqs

Answer 1

Попробуйте добавить символ `каждый раз, когда вы добавляете значения с помощью команды unix в переменную.

Например,

fq = $file | awk -F '[p]' '{print $1}' echo" $ {fq} "fq = echo "${fq}_Kolla_fastqs" эхо "$ {fq}"