Я пытаюсь установить CummeRbund, но это не удается, потому что это зависит от Matrix. Не удается установить Matrix, поскольку он использует lRlapack и lRblas вместо использования «-lblas -llapack». Как мне изменить это поведение?
Я выполнил Fre sh установку R и Rstudio после многих безуспешных попыток Я установил lapack blas, следуя инструкциям здесь
В Rstudio
BiocManager::install("cummeRbund")
Было 12 предупреждений (используйте warnings (), чтобы их увидеть)
warnings () Предупреждающие сообщения: 1: В install.packages (.. .): установка пакета 'DelayedArray' имела ненулевой статус выхода 2: В install.packages (...): установка пакета 'Hmisc' имела ненулевой статус выхода 3: В install.packages (...) : установка пакета 'SummarizedExperiment' имела ненулевой статус завершения 4: В install.packages (...): установка пакета 'GenomicAlignments' имела ненулевой статус выхода 5: В install.packages (...): установка пакета 'rtracklayer' имел ненулевой статус выхода 6: В install.packages (...): установка пакета 'GenomicFeatures' имела ненулевой статус выхода 7: В install.packages (...): установка пакета "BSgenome" имел ненулевой статус выхода 8: В install.packages (...): установка пакета 'VariantAnnotation' имела ненулевой статус выхода 9: В install.packages (...): установка пакета 'ensembldb' имела ненулевой статус выхода 10: В install.packages (...): установка пакета 'biovizBase' имела ненулевой статус выхода 11: В install.packages (...): установка пакета 'Gviz' имела ненулевой статус выхода 12: В установке .packages (...): установка пакета 'cummeRbund' имела ненулевой статус выхода
Я пытался установить пакеты, предложенные выше, но получил ошибку
Error: package ‘Matrix’ was installed before R 4.0.0: please re-install it
Execution halted
ERROR: lazy loading failed for package ‘package_name’
* removing ‘/home/bkimathi/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.0/package_name’
install.packages("Matrix")
/ usr / bin / ld: не удается найти -lRlapack / usr / bin / ld: не удается найти -lRblas collect2: ошибка: ld вернул 1 статус выхода /usr/share/R/share/make/shlib.mk:6: рецепт для цели 'Matrix.so' не удалось сделать: *** [Matrix.so] Ошибка 1 ОШИБКА: не удалось выполнить компиляцию для пакета 'Matrix' * удаление предупреждения '/home/bkimathi/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.0/Matrix' в install.packages: установка пакета ge 'Matrix' имел ненулевой статус выхода
Загруженные исходные пакеты находятся в '/ tmp / Rtmp8h5gPA / loaded_packages'
Как мне избежать ошибки Matrix? Мы будем очень признательны за вашу помощь.