Укажите, какие столбцы вы хотите разместить в центре с помощью targets
в качестве диапазона, например, 0:4
(начинается с нуля) или _all
для всех из них.
library(DT)
datatable(head(iris),
options = list(columnDefs =
list(list(className = 'dt-center',
targets = "_all"))))