На самом деле, вы напортачили с настройкой пипса. Начать с начала:
$ python -m pip list
Что возвращает эта команда?
Я бы посоветовал вам начать использовать виртуальную среду (venv). В будущем гораздо проще решать проблемы с зависимостями модулей.
$ python -m venv /path/to/env
$ source /path/to/env/bin/activate # Activates your environment
$ python -m pip install numpy
$ python run.py
В результате все ваши зависимости будут собраны в / path / to / env без нарушения глобальной настройки.