Определенно может, но для этого потребуется изучить множество различных инструментов в ImageJ (например, сегментация, менеджер ROI, анализ частиц, измерения, плагин Shape Filter, макросы ImageJ). Хорошая новость заключается в том, что в Интернете есть много ресурсов для выполнения именно таких задач. Изучение сегментации - лучшее место для начала Сегментация в ImageJ . После этого я прочитал про Анализ частиц . После того, как вы немного попрактикуетесь делать это вручную с одним изображением, я бы углубился в макроязык ImageJ, чтобы узнать о написании кода для автоматизации процесса только для одного изображения, а затем перейду к пакетной обработке Image J Макроязык .
Может показаться, что это требует больших затрат времени, но ИМХО это довольно интересная и полезная работа. Автоматический анализ данных (изображение, которым вы поделились, похоже на крыло дрозофилы, поэтому я предполагаю, что вы будете проводить много таких измерений) действительно может облегчить вашу жизнь, а также привести к более надежным / воспроизводимым результатам.