Я не смог найти на это удовлетворительного ответа. У меня есть простой сценарий, в котором я использую sh для запуска нескольких контейнеров в режиме демона:
#!/usr/bin/env bash
docker run -d -it -v /mnt/DataResearch/DataStageData/ed_provider_notes/:/data -v /home/gsilver1/data/QuickUMLS/data/:/data/UMLS ahc-nlpie-docker.artifactory.umn.edu/qumls:1 /home/QuickUMLS/run.sh
docker run -d -it -v /mnt/DataResearch/DataStageData/ed_provider_notes/:/data ahc-nlpie-docker.artifactory.umn.edu/b9:1 /usr/share/biomedicus/scripts/run_biomedicus.sh
docker run --env umlsUser='USER' --env umlsPass='PW' -d -it -v /mnt/DataResearch/DataStageData/ed_provider_notes/:/data ahc-nlpie-docker.artifactory.umn.edu/clmp:4 /usr/share/clamp/scripts/run_clamp.sh
docker run -d -it -v /mnt/DataResearch/gsilver1/note_test/ed_provider_notes/:/data ahc-nlpie-docker.artifactory.umn.edu/mm:4 /usr/share/public_mm/scripts/run_metamap.sh
docker run --env ctakes_umlsuser='USER' --env ctakes_umlspw='PW' -d -it -v /mnt/DataResearch/DataStageData/ed_provider_notes/:/data ahc-nlpie-docker.artifactory.umn.edu/ctks:1 /usr/share/ctakes/scripts/run_ctakes.sh
Эти команды отлично работают при выполнении с терминала. Однако при запуске из сценария я получаю ошибки в следующих строках:
(base) gsilver1@d0pconcourse002:~/development/scripts$ ./run_nlp.sh
./run_nlp.sh: line 3: docker run -d -v /mnt/DataResearch/DataStageData/ed_provider_notes/:/data -v /home/gsilver1/data/QuickUMLS/data/:/data/UMLS ahc-nlpie-docker.artifactory.umn.edu/qumls:1 /home/QuickUMLS/run.sh: No such file or directory
./run_nlp.sh: line 5: docker run -d -v /mnt/DataResearch/DataStageData/ed_provider_notes/:/data ahc-nlpie-docker.artifactory.umn.edu/b9:1 /usr/share/biomedicus/scripts/run_biomedicus.sh: No such file or directory
./run_nlp.sh: line 7: docker run --env umlsUser='horcle' --env umlsPass='nEj123456' -d -v /mnt/DataResearch/DataStageData/ed_provider_notes/:/data ahc-nlpie-docker.artifactory.umn.edu/clmp:4 /usr/share/clamp/scripts/run_clamp.sh: No such file or directory
./run_nlp.sh: line 9: docker run -d -v /mnt/DataResearch/DataStageData/ed_provider_notes/:/data ahc-nlpie-docker.artifactory.umn.edu/mm:4 /usr/share/public_mm/scripts/run_metamap.sh: No such file or directory
./run_nlp.sh: line 11: docker run --env ctakes_umlsuser='horcle' --env ctakes_umlspw='nEj123456' -d -v /mnt/DataResearch/DataStageData/ed_provider_notes/:/data ahc-nlpie-docker.artifactory.umn.edu/ctks:1 /usr/share/ctakes/scripts/run_ctakes.sh: No such file or directory
(base) gsilver1@d0pconcourse002:~/development/scripts$
Что, кажется, указывает на то, что сценарий не интерпретирует команды в конце команды docker для запуска в файловая система контейнера docker, а не удаленная файловая система. Я пробовал заключать в кавычки команду docker, а затем использовать - c для запуска от имени конкретного пользователя c, et c. все без толку. Как заставить команды выполняться в каждом контейнере docker без изменения точки входа изображения docker?