С 1 КБ данных вам лучше использовать стандартный файловый ввод-вывод. Скорее всего, вы можете сериализовать все дерево объектов на диск и отключить десериализацию при следующем запуске. Если вы хотите получить фантазию, вы можете использовать JAXB для сериализации в XML вместо двоичных файлов.
Как бы мне не хотелось приспосабливать каждую проблему к решению базы данных, я не думаю, что это очень практично. Если у вас нет особой потребности в специфических для базы данных возможностях, вы вводите много накладных расходов, сложностей, проблем с обслуживанием при использовании базы данных.
Единственная область, в которой вы, возможно, действительно захотите использовать базу данных, это если у вас много маленьких объектов / строк и вы часто выполняете сортировку и фильтрацию данных. Но даже тогда вы, вероятно, могли бы хранить дюжину упорядоченных списков в памяти и получить лучшую производительность с меньшими ресурсами и без головной боли базы данных.
Если вы действительно считаете, что вам нужна база данных в этом сценарии, рассмотрите HSQL. Я не считаю это реальной базой данных, но это база данных в памяти, которая может сохраняться в файл. Низкие накладные расходы, низкая сложность и относительно небольшое количество точек отказа. Кроме того, если вам нужно отредактировать сохраненные данные, вы можете сделать это с помощью текстового редактора. Нельзя так сказать о Дерби.