Я пытаюсь установить пакет hdp от Nicola Robers , используя следующую команду в R:
devtools::install_github("nicolaroberts/hdp", build_vignettes = TRUE)
Это используется для компиляции и установки, когда я имел версию R 3.6.2 и g cc версию 9.2.1 на машине (Arch) Linux. После обновления системы до R 4.0.0 и g cc 10.1.0 установка завершается ошибкой со следующим сообщением:
* installing *source* package ‘hdp’ ...
** using staged installation
** libs
gcc -I"/usr/include/R/" -DNDEBUG -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fpic -march=x86-64 -mtune=generic -O2 -pipe -fno-plt -c R-base.c -o R-base.o
gcc -I"/usr/include/R/" -DNDEBUG -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fpic -march=x86-64 -mtune=generic -O2 -pipe -fno-plt -c R-conparam.c -o R-conparam.o
gcc -I"/usr/include/R/" -DNDEBUG -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fpic -march=x86-64 -mtune=generic -O2 -pipe -fno-plt -c R-dp.c -o R-dp.o
gcc -I"/usr/include/R/" -DNDEBUG -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fpic -march=x86-64 -mtune=generic -O2 -pipe -fno-plt -c R-hdp.c -o R-hdp.o
gcc -I"/usr/include/R/" -DNDEBUG -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fpic -march=x86-64 -mtune=generic -O2 -pipe -fno-plt -c R-hdpMultinomial_iterate.c -o R-hdpMultinomial_iterate.o
gcc -I"/usr/include/R/" -DNDEBUG -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fpic -march=x86-64 -mtune=generic -O2 -pipe -fno-plt -c R-multinomial.c -o R-multinomial.o
gcc -I"/usr/include/R/" -DNDEBUG -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fpic -march=x86-64 -mtune=generic -O2 -pipe -fno-plt -c R-utils.c -o R-utils.o
gcc -I"/usr/include/R/" -DNDEBUG -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fpic -march=x86-64 -mtune=generic -O2 -pipe -fno-plt -c randutils.c -o randutils.o
gcc -shared -L/usr/lib64/R/lib -Wl,-O1,--sort-common,--as-needed,-z,relro,-z,now -o hdp.so R-base.o R-conparam.o R-dp.o R-hdp.o R-hdpMultinomial_iterate.o R-multinomial.o R-utils.o randutils.o -L/usr/lib64/R/lib -lR
/usr/bin/ld: R-conparam.o:(.bss+0x0): multiple definition of `DEBUG'; R-base.o:(.bss+0x0): first defined here
/usr/bin/ld: R-dp.o:(.bss+0x0): multiple definition of `DEBUG'; R-base.o:(.bss+0x0): first defined here
/usr/bin/ld: R-hdp.o:(.bss+0x0): multiple definition of `DEBUG'; R-base.o:(.bss+0x0): first defined here
/usr/bin/ld: R-hdpMultinomial_iterate.o:(.bss+0x0): multiple definition of `DEBUG'; R-base.o:(.bss+0x0): first defined here
/usr/bin/ld: R-multinomial.o:(.bss+0x0): multiple definition of `DEBUG'; R-base.o:(.bss+0x0): first defined here
/usr/bin/ld: R-utils.o:(.bss+0x0): multiple definition of `DEBUG'; R-base.o:(.bss+0x0): first defined here
/usr/bin/ld: randutils.o:(.bss+0x0): multiple definition of `DEBUG'; R-base.o:(.bss+0x0): first defined here
collect2: error: ld returned 1 exit status
make: *** [/usr/share/R//make/shlib.mk:6: hdp.so] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘hdp’
Отдельные файлы компилируются нормально, но связывание кажется неудачным. Есть идеи, как go отладить то, чего не хватает?