Используя аутентификацию по сертификату, сервер не может получить windows идентификатор клиента, может быть получена только соответствующая информация о сертификате.
Если вы хотите получить windows идентификатор клиента на На стороне сервера вы можете рассмотреть возможность добавления метода, с помощью которого клиент передает на сервер идентификатор windows.
[OperationContract]
void GetWindowsIdentity(string WindowsIdentity);
Это OperationContract на стороне сервера.
public void GetWindowsIdentity(string WindowsIdentity) {
Console.WriteLine("WindowsIdentity:" + WindowsIdentity);
}
Это реализация метода.
client.GetWindowsIdentity(WindowsIdentity.GetCurrent().Name);
Клиентская сторона передает windows удостоверение на стороне сервера.