[Мы] работаем с набором инструментов, которые вносят изменения в набор общих файлов конфигурации XML [...] Некоторые [...] изменяются практически каждый раз, когда кто-либо вносит изменения в наша конфигурация [...] Некоторые изменения, вносимые нашими инструментами [...] настройки, очень велики, часто порядка тысяч или десятков тысяч строк.
Ваши инструменты обрабатывают эти конфиги вроде медиафайлов. Буквально «между» файлами, файлами «среднего уровня», ваши инструменты обрабатывают их как файлы мультимедиа, потому что они таковы. И они действуют как другие медиафайлы: не предназначены для потребления человеком. Исходный код предназначен для употребления человеком. Ваши конфигурации не такие.
Если вам повезет, вы сможете массировать или переводить содержимое xml, чтобы небольшие изменения, сделанные в инструменте, отражались небольшими изменениями, внесенными в конфигурации, и любые два человека, вносящие одно и то же изменение, имеют хорошие шансы произвести узнаваемо похожие изменения в конфигурациях - короче говоря, сделайте воспроизведение исходного кода того, с чем ваши инструменты пытаются работать, и отследите это. В идеальном мире вы могли бы исправить существующий инструмент для работы с этим форматом напрямую.
Но если вам не повезло, вы вроде бы застряли. Все виртуальные виртуальные машины предполагают, что степень, характер и место изменений отражены в источнике. По той же причине ни один vcs не работает с объектными файлами компилятора.