WSE 3.0 в основном касается транспорта и безопасности сообщений, IIRC. WCF - это новейший подход от MS к этим реализациям, поэтому вы должны рассматривать WSE как устаревший.
Переходить на WCF с ВФБ? Ничего легкого Существуют новые конструкции, позволяющие понять, как работают каналы WCF, чтобы обеспечить ту же функциональность, что и WSE (а затем и некоторые).
И WCF не менее эзотеричен - он просто эзотеричен по-другому. Оба довольно сложны с их реализациями и конфигурацией, но у WCF есть благословение постоянной поддержки и развития.