Ваши определенные данные не соответствуют вашим столбцам, созданным во фрейме данных. Удалите параметр "columns" из конструктора фрейма данных:
dts=pd.DataFrame({'x':['1','2','3','4','5','6'],
'y':['7','8','9','10','11','12']},
index=pd.MultiIndex.from_product([['a','b','c'],['1','2']],
names=['Sl','Ok']),
#columns=['A','B','C','D','E','F'], <--- Remove this!
dtype="float")
dts
Вывод:
x y
Sl Ok
a 1 1.0 7.0
2 2.0 8.0
b 1 3.0 9.0
2 4.0 10.0
c 1 5.0 11.0
2 6.0 12.0