импортировать онтологию в Cytoscape (3.8 Desktop) - PullRequest
0 голосов
/ 13 июля 2020

Я работаю с небиологическими данными, и мне было интересно, можно ли импортировать онтологии в Cytoscape 3.8? Я вижу, что более старые версии Cytoscape позволяют это (например, 3.5). Я действительно хочу иметь возможность отображать некоторые из моих данных в элементы из онтологий или файлов аннотаций; есть предложения?

1 Ответ

0 голосов
/ 16 июля 2020

Старые версии поддерживали загрузку специфических c онтологий только для аннотации таблиц данных (не для построения сети). Веб-сервис, на который мы полагались, больше не поддерживается, поэтому мы удалили эту функцию аннотации.

Но возможность импортировать онтологию как сеть осталась прежней. Вы должны найти или реструктурировать данные онтологии в один из множества поддерживаемых сетевых форматов данных. SIF (простой формат взаимодействия) может быть ... самым простым. Я не знаю приложений, которые, например, напрямую импортируют .obo, но они могут существовать.

...