Я подозреваю, что ваши ссылки неверны, и поэтому вы могли ошибочно заключить, что ваши сборки не восстанавливаются, хотя на самом деле это так. Вы уверены, что ваши ссылки являются ссылками на проекты, а не ссылками, в которых вы выбрали путь и расположение файла для конкретной библиотеки DLL? Если вы не уверены, удалите ссылки на сборки для своих проектов и воссоздайте их в качестве ссылок на проекты, перейдя к соответствующему проекту.
Кроме того, Visual Studio перестроит только проекты, которые находятся в текущем решении - вы должны иметь компилируемые проекты, чтобы эти проекты можно было перестроить.
Если вышеперечисленное не привело вас к ответу, сообщите, пожалуйста.