Попробуйте что-то вроде:
INSERT INTO table3 (SELECT url FROM table1, table2 WHERE table1.hash = table2.hash)
Это не допустимый SQL-оператор, но подобный вложенный запрос должен прочитать URL-адреса из таблиц1 и таблиц2, которые совпадают по их хешу, и поместить их в таблицу3.
EDIT:
Если вы хотите очистить ваши входные URL-адреса (например, удалить GET-переменные), я бы сделал это перед сохранением их в tabel1 и table2. Я бы не стал удалять http и www, поскольку "https://somesite"" и "http://somesite", а также" www.somesite.com "и" somesite.com "могут иметь разное содержимое.