Я выбираю XML исключительно потому, что есть встроенные классы .NET для работы с ним, и это логичный способ разметки данных. Я не совсем вижу JSON как формат разметки данных, более того (как следует из названия) стиль разметки объекта (то есть методы и т. Д.).
Итак, технически это зависит от того, какого рода данные вы обмениваетесь, но ИМХО, я бы пошел с XML. Он хорошо проработан на языке и хорошо известен (что является значительным преимуществом при привлечении новых людей или при самостоятельном чтении и т. Д.).