У меня есть этот сценарий Bowt ie в каталоге с именем / Users / user / Documents / libraries_timecourse. Я хочу вывести результаты этого bash скрипта в / Users / user / Documents / libraries_timecourse, но я не знаю, как это сделать. Более того, хотя сценарий работает, я хочу, чтобы имена выходных данных имели в своем префиксе bowtie2, а не как сейчас. Я пробовал разные вещи, такие как bowtie2 $ {a% .fastq} .fq или 'bowtie2 _ $ {a% .fastq} .fq', но это не сработало. Какие-либо предложения? Спасибо!
#! bin/bash
for a in /Volumes/Norwegian_woods/*.fastq;
do
Reference=/Volumes/Norwegian_woods/Phaw_5.0;
bowtie2 -N 1 -p 8 --no-unal -x ${Reference} -q $a --al ${a%.fastq}_bowtie2.fq -S ${a%.fastq}_bowtie2.sam
done