Самый быстрый способ (arg) отсортировать уплощенный nD-массив, отсортированный по каждому измерению? - PullRequest
3 голосов
/ 06 августа 2020

Сам вопрос по языковой агности c. Я буду использовать python в своем примере, главным образом потому, что считаю хорошим продемонстрировать суть дела.

У меня есть N-мерный массив формы (n1, n2, ..., nN), который непрерывен в памяти (c -порядок) и заполнен числами. Для каждого измерения числа отсортированы в порядке возрастания. Двумерный пример такого массива:

>>> import numpy as np
>>> n1 = np.arange(5)[:, None]
>>> n2 = np.arange(7)[None, :]
>>> n1+n2
array([[ 0,  1,  2,  3,  4,  5,  6],
       [ 1,  2,  3,  4,  5,  6,  7],
       [ 2,  3,  4,  5,  6,  7,  8],
       [ 3,  4,  5,  6,  7,  8,  9],
       [ 4,  5,  6,  7,  8,  9, 10]])

В этом случае значения в каждой строке идут по возрастанию, а значения в каждом столбце тоже по возрастанию. Примерный массив 1D:

>>> n1 = np.arange(10)
>>> n1*n1
array([ 0,  1,  4,  9, 16, 25, 36, 49, 64, 81])

Я хотел бы получить список / массив, содержащий индексы, которые сортировали бы уплощенную версию массива nD в порядке возрастания. Под уплощенным массивом я подразумеваю, что я интерпретирую nD-массив как одномерный массив эквивалентного размера. При сортировке не обязательно сохранять порядок, т. Е. Порядок индексов, индексирующих одинаковые числа, не имеет значения. Например,

>>> n1 = np.arange(5)[:, None]
>>> n2 = np.arange(7)[None, :]
>>> arr = n1*n2
>>> arr
array([[ 0,  0,  0,  0,  0,  0,  0],
       [ 0,  1,  2,  3,  4,  5,  6],
       [ 0,  2,  4,  6,  8, 10, 12],
       [ 0,  3,  6,  9, 12, 15, 18],
       [ 0,  4,  8, 12, 16, 20, 24]])
>>> np.argsort(arr.ravel())
array([ 0, 28, 14,  7,  6, 21,  4,  3,  2,  1,  5,  8,  9, 15, 22, 10, 11,
       29, 16, 12, 23, 17, 13, 18, 30, 24, 19, 25, 31, 20, 26, 32, 27, 33,
       34], dtype=int64)

Стандартная сортировка уплощенного массива может выполнить sh это; однако он не использует тот факт, что массив уже частично отсортирован, поэтому я подозреваю, что существует более эффективное решение. Как это сделать наиболее эффективно?

В комментарии спрашивается, каков мой вариант использования, и могу ли я предоставить более реалистичные c тестовые данные для сравнительного анализа. Вот как я столкнулся с этой проблемой:

Учитывая изображение и двоичную маску для этого изображения (которая выбирает пиксели), найдите самое большое вспомогательное изображение, которое содержит только выбранные пиксели.

В моем случае я применил перспективное преобразование к изображению и хочу обрезать его так, чтобы не было черного фона, сохранив при этом как можно большую часть изображения.

from skimage import data
from skimage import transform
from skimage import img_as_float

tform = transform.EuclideanTransform(
    rotation=np.pi / 12.,
    translation = (10, -10)
    )

img = img_as_float(data.chelsea())[50:100, 150:200]
tf_img = transform.warp(img, tform.inverse)
tf_mask = transform.warp(np.ones_like(img), tform.inverse)[..., 0]

y = np.arange(tf_mask.shape[0])
x = np.arange(tf_mask.shape[1])
y1 = y[:, None, None, None]
y2 = y[None, None, :, None]
x1 = x[None, :, None, None]
x2 = x[None, None, None, :]

y_padded, x_padded = np.where(tf_mask==0.0)
y_padded = y_padded[None, None, None, None, :]
x_padded = x_padded[None, None, None, None, :]
y_inside = np.logical_and(y1[..., None] <= y_padded, y_padded<= y2[..., None])
x_inside = np.logical_and(x1[..., None] <= x_padded, x_padded<= x2[..., None])
contains_padding = np.any(np.logical_and(y_inside, x_inside), axis=-1)

# size of the sub-image
height = np.clip(y2 - y1 + 1, 0, None)
width = np.clip(x2 - x1 + 1, 0, None)
img_size = width * height

# find all largest sub-images
img_size[contains_padding] = 0
y_low, x_low, y_high, x_high = np.where(img_size == np.max(img_size))
cropped_img = tf_img[y_low[0]:y_high[0]+1, x_low[0]:x_high[0]+1]

Алгоритм довольно неэффективно; Я в курсе. Что интересно для этого вопроса, так это img_size, который представляет собой (50,50,50,50) 4D-массив, упорядоченный, как описано выше. В настоящее время я использую:

img_size[contains_padding] = 0
y_low, x_low, y_high, x_high = np.where(img_size == np.max(img_size))

, но с правильным алгоритмом сортировки (который я могу прервать раньше) это потенциально можно было бы сделать намного лучше.

Ответы [ 2 ]

1 голос
/ 06 августа 2020

Я бы сделал это, используя части сортировки слиянием и подход «разделяй и властвуй». Вы начинаете с первых двух массивов.

[0,  1,  2,  3,  4,  5,  6],//<- This
[ 1,  2,  3,  4,  5,  6,  7],//<- This
....

Затем вы можете объединить их следующим образом (Java -подобный синтаксис):

List<Integer> merged=new ArrayList<>();
List<Integer> firstRow=... //Same would work with arrays
List<Integer> secondRow=...
int firstCnter=0;
int secondCnter=0;
while(firstCnter<firstRow.size()||secondCnter<secondRow.size()){
  if(firstCnter==firstRow.size()){ //Unconditionally add all elements from the second, if we added all the elements from the first
     merged.add(secondRow.get(secondCnter++)); 
  }else if(secondCnter==secondRow.size()){
     merged.add(firstRow.get(firstCnter++));
  }else{ //Add the smaller value from both lists at the current index.
    int firstValue=firstRow.get(firstCnter);
    int secondValue=secondRow.get(secondCnter);
    merged.add(Math.min(firstValue,secondValue));
    if(firstValue<=secondValue)
       firstCnter++;
    else
       secondCnter++;
  }
}

После этого вы можете объединить следующие два строк, пока у вас не будет:

[0,1,1,2,2,3,3,4,4,5,5,6,7]
[2,3,3,4,4,5,5,6,6,7,7,8,8,9]
[4,5,6,7,8,9,10] //Not merged.

Продолжить слияние снова.

[0,1,1,2,2,2,3,3,3,4,4,4,4,5,5,5,6,6,6,7,7,7,8,8,9]
[4,5,6,7,8,9,10]

После этого последнее слияние:

[0,1,1,2,2,2,3,3,3,4,4,4,4,4,5,5,5,5,6,6,6,6,7,7,7,7,8,8,8,9,9,10]

Не знаю о временной сложности, но должно быть жизнеспособным решением

0 голосов
/ 06 августа 2020

Другая идея: используйте минимальную кучу только с текущими обязательными кандидатами на следующее наименьшее значение. Начните со значения в начале координат (индекс 0 во всех измерениях), так как оно наименьшее. Затем несколько раз выньте наименьшее значение из кучи и добавьте его еще не добавленных соседей.

...