Если вы ищете что-то иное, чем использование функции abs, пробовали ли вы просмотреть все записи в матрице, проверяя, меньше ли они 0, а затем умножая те, которые равны -1?
for i = 1:length(matrix)
if matrix(i) < 0
matrix(i) = matrix(i) * -1;
end
end
Было бы визуально легче читать и проще понимать, просто используя функцию abs, но если вы не хотите использовать что-то еще, вы можете попробовать это