Быстро просматривая исходный код соответствующей части реализации процессора конфигурации, он выглядит жестко запрограммированным.
Поскольку spring-boot-configuration-processor работает во время фазы "компиляции" maven, вы, вероятно, можете переместить сгенерированный файл, используя другие плагины maven (например, плагин ant run, возможно, фильтрацию и т. д. и т. д.). И это должен быть прямой ответ на ваш вопрос.
Однако, честно говоря, я не думаю, что вам следует хранить этот файл в системе контроля версий по двум основным причинам:
Этот файл не является исходным кодом в том смысле, что вы или ваши коллеги должны редактировать его вручную.
Если кто-то из вашей команды выполняет рефакторинг в среде IDE, он может случайно изменить что-то в файле, поэтому синхронизировать его будет сложно c. Текущая реализация гарантирует, что он будет сгенерирован в процессе компиляции, чтобы этого не произошло. Накладные расходы на время компиляции незначительны.