Хорошо - если вам нужно только наибольшее число из того, что проиндексировано несколько раз, используйте следующее:
index_list = [0, 5, 5, 6, 0, 1, 1, 8, 9, 9]
index_list_mcfccs = [0.640495, 0.4822588, 0.6523488, 0.74474275, 0.5423001, 0.85711163, 0.724612, 0.5099624, 0.9696293, 0.97258127]
result_mcfccs = []
for idx, index in enumerate(index_list):
if index_list.count(index) > 1:
result_mcfccs.append(index_list_mcfccs[idx])
result = max(result_mcfccs)
print(result)
UPDATE: в соответствии с вашими дополнительными требованиями, чтобы учесть величину В случае возникновения в качестве приоритета решение будет следующим (одинаковая величина индексов будет учитывать ВСЕ значения)
index_list = [0, 5, 5, 6, 0, 1, 1, 8, 9, 9]
index_list_mcfccs = [0.640495, 0.4822588, 0.6523488, 0.74474275, 0.5423001, 0.85711163, 0.724612, 0.5099624, 0.9696293, 0.97258127]
result_mcfccs = []
from collections import Counter
indices = list(map(lambda x: x[0], Counter(index_list).most_common()))
counts = list(map(lambda x: x[1], Counter(index_list).most_common()))
max_indices = [indices[i] for i, x in enumerate(counts) if x == max(counts)]
for idx, id in enumerate(index_list):
if id in max_indices:
result_mcfccs.append(index_list_mcfccs[idx])
result = max(result_mcfccs)
print(result)