Я использую snakemake в моем существующем окружении conda, где также установлены другие инструменты, например R, julia, et c. Я предпочитаю устанавливать и обновлять snakemake через pip вместо собственной команды conda, учитывая, что я обнаружил, что это более стабильно и менее конфликтно с постоянно вращающимся колесом conda для разрешения конфликтов.
Я читал на страница установки snakemake , что у нее есть определенные зависимости, отличные от python, и поэтому pip может быть не лучшим вариантом. Я попытался найти их в исходном коде , но лучше, если я получу конкретную c информацию.