Знаете ли вы размер вашего массива?
Код может быть таким, если предположить, что длина массива равна array_size:
int array_size;
char **array = malloc (sizeof (char*) * array_size);
....
free (*(array+array_size)); *(array+array_size) = NULL;
free (*(array+array_size-1)); *(array+array_size-1) = NULL;
В случае, если вы не знаете длину, поможет тот факт, что элемент после последнего использованного элемента равен NULL.
Тогда код несколько сложнее:
for (char** ai = array; *ai != NULL; ai++);
ai--;
free(*ai); *ai = NULL;
ai--;
free(*ai); *ai = NULL;