Входная форма слоя (1000,1). Это означает, что слой принимает любые входные данные формы (*, 1). Таким образом, последнее измерение ввода должно быть 1. Вы можете изменить свои данные, как показано ниже.
import tensorflow as tf
import numpy as np
data=tf.Variable(np.random.random((9923,1000)),dtype=tf.float32) #your data has shape (9923,1000)
#print(data)
data=tf.reshape(data,(9923,1000,1)) #reshape data
#print(data)
conv1d=tf.keras.layers.Conv1D(64,3, activation ='relu', input_shape= (1000, 1)) # the layer accpets any input with shape (*,1).
# That means the last dimention should be 1
cnn_data=conv1d(data) # output cnn_data has shape (9923,998,64)