вы можете передать предоставленную пользователем строку в оператор Table и построить запросы из этого: (здесь я предполагаю, что вы получаете данные пользователя из почтового запроса json)
table_name_string = request.get_json().get('table')
selected_table = db.Table(table_name_string, metadata, autoload=True)
query = selected_table.select()
вы также можете go при использовании этого запроса как необработанной строки sql на этом этапе, если вы действительно хотите
query_string = str(query)
некоторую проверку ввода или ограничения, какие таблицы являются действительными, определенно рекомендуется, но это sql безопасная инъекция, так как таблица должна существовать в метаданных, иначе будет выдано исключение (sqlalchemy.ex c .NoSuchTableError:)