Я новичок в R, хотя, возможно, это вопрос статистики - я провел анализ ординации с ограничениями CAP, чтобы сопровождать PERMANOVA. Однако я не совсем понимаю результат и то, как оценивать степень соответствия и как интерпретировать эти результаты в целом. Я использую его для визуализации структур экологического сообщества из четырех мест. Я прочитал документацию R, но она меня не прояснила.
Ниже приведены результаты CAP на тот случай, если это поможет кому-либо вспомнить:
Length Class Mode
PCoA 4714 -none- numeric
m 1 -none- numeric
tot 1 -none- numeric
varm 1 -none- numeric
group 2357 factor numeric
CV 2357 factor numeric
percent 1 -none- numeric
percent.level 4 -none- numeric
x 9428 -none- numeric
F 4 -none- numeric
lda.CV 5 -none- list
lda.other 10 lda list
manova 4 summary.manova list
signi 1 -none- logical
permutations 0 -none- NULL
Связано ли качество соответствия с процентными уровнями? Мой коллега-исследователь упомянул, что должен быть результат, аналогичный PCA, где он сообщает вам процентное отклонение, объясняемое каждой осью - есть ли другая функция, которая это обеспечит? И что в этой ситуации представляет собой тестирование MANOVA?
Заранее спасибо. Также, если это не подходящий форум для такого вопроса, и у кого-то есть предложения получше, пожалуйста, передайте их.