Вы смотрели документацию PdfFontFactory? Некоторые из его методов принимают аргумент, определяющий, следует ли встраивать шрифт. Например, этот:
iText.Kernel.Font.PdfFontFactory.CreateRegisteredFont ( String fontName,
String encoding,
bool embedded
)
Если вы хотите создать файл PDF / A, все шрифты должны быть встроены, даже стандартные 14 шрифтов, такие как Times. Таким образом, вам придется сказать iText, чтобы он вставил шрифт, который вы хотите использовать для своего текста.