Вам нужно будет удалить и заново создать первичный ключ, например:
alter table my_table drop constraint my_pk;
alter table my_table add constraint my_pk primary key (city_id, buildtime, time);
Однако, если есть другие таблицы с внешними ключами, которые ссылаются на этот первичный ключ, то вам сначала нужно будет их удалить, выполнить вышеизложенное, а затем заново создать внешние ключи с новым списком столбцов.
Альтернативный синтаксис для удаления существующего первичного ключа (например, если вы не знаете имя ограничения):
alter table my_table drop primary key;