Что касается файлов, разрешение на выполнение для вас не имеет значения - учетной записи пользователя, на которой работает ваш веб-сервер, необходимо разрешение на доступ и чтение соответствующих файлов. Чтобы перейти в каталог, пользователю также потребуется разрешение на выполнение для этого каталога.
Если вы пытаетесь сделать ваши сценарии доступными для чтения веб-сервером (допустим, вы используете учетную запись «www», принадлежащую группе «www»), а не другим пользователям в системе, вот что я будет делать (предполагается, что ваш аккаунт "myuser"):
# Change owner to "myuser" and group to "www" for file(s) in question
chown myuser:www config.php
# 640: myuser has rw-, www has r--, world has ---
chmod 640 config.php
Если вы хотите запретить миру читать любой файл в каталоге «секретов», просто отключите бит выполнения:
# 750: myuser has rwx, www has r-x, world has ---
chmod 750 secrets
Если вы установили для всех ваших сценариев разрешение на выполнение, но не на чтение, никто не сможет сделать с ними ничего полезного (включая веб-сервер); -)