Изменить .libPaths () в уценке R? - PullRequest
Новая
       97

Изменить .libPaths () в уценке R?

0 голосов
/ 06 августа 2020

В настоящее время я смонтирован на удаленном сервере, где находится файл .Rmd.

Я установил свой WD на этот сервер в дополнение к указанию библиотеки пакетов на этом сервере.

Однако команда .libPaths (), похоже, не «залипает», что означает, что я не могу использовать пакеты, которые вызываю ниже.

Код уценки R: 

require("knitr")
knitr::opts_chunk$set(warning=FALSE)
.libPaths("/home/patrick/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6")
knitr::opts_knit$set(root.dir="/home/rebecca/missionbio/")

getwd()
.libPaths()

library(mixtools)
library(tapestri)
library(dplyr)
library(uwot)
library(ggplot2)
library(magrittr)
library(ggrepel)
library(ComplexHeatmap)
library(circlize)
library(RColorBrewer)
library(grid)
library(gridExtra)
library(data.table)

Вывод: 

> .libPaths()
[1] "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/library"
> 
> # Load required libraries. Install using install_packages("package_name") if necessary
> library(tapestri)
Error in library(tapestri) : there is no package called ‘tapestri’

Как я могу установить .libPaths для чанков в Rmarkdown?

...