Вы можете изменить порядок строк и столбцов следующим образом:
library(pheatmap)
library(gridExtra)
# Heatmap of the original data set
p1 <- pheatmap(mtcars, cluster_cols=F, cluster_rows=F)
# Heatmap of the data set with flipped rows and columns
mtcars2 <- mtcars[nrow(mtcars):1, ncol(mtcars):1]
p2 <- pheatmap(mtcars2, cluster_cols=F, cluster_rows=F)
grid.arrange(grobs=list(p1$gtable,p2$gtable), nrow=1)
введите описание изображения здесь