Каждый раз, когда вы создаете новый апплет Jar, добавляйте к нему номер сборки, например, applet.jar?build=123 или build123/applet.jar. Это также хорошая практика для развертывания, поскольку она устраняет все проблемы с кэшем, и, вероятно, это может быть просто автоматизировано вашим решением для сборки, например Ant.
Кроме того, стоит рассмотреть возможность использования тега separate_jvm, подробное описание здесь . Доступно с версии 1.6, обновление 10. Оно будет обеспечивать новую JVM при каждом обновлении, что избавит вас от беспокойства по поводу особенностей плагина, например, из-за нехватки памяти из-за большого количества обновлений.