Как мне подключить android студию к существующему приложению flutter, которое я инициализировал через терминал?
Вы можете просто открыть папку проекта в студии Android и запускать свои команды с терминала в Android Studio.
EDIT:
К сожалению, нет возможности подключить ваш запуск приложения в Android Studio без остановки выполнения.