проблема была с отдельным $result | out-file "abc.pdf"
с кодировками для pdf файла. вместо этого использовал параметр -outfile в самом методе invoke-rest, и файл pdf был успешно скопирован.
Invoke-RestMethod -Uri $uri -Method Get -ContentType "application/json" -Headers $header -outfile "abc.pdf"