Android apksigner Keystore было подделано, или пароль был неверным.
# echo -e "$keyPw\n$alisePw" | apksigner sign --ks keystore.jks aa.apk
Сделано.
$command = 'echo -e "$keyPw\n$alisePw" | apksigner sign --ks keystore.jks aa.apk';
shell_exec($command);
Но выдает:
java .io.IOException: было подделано хранилище ключей или неверен пароль
(извините за мой плохой английский sh.)