Вот как мы это делаем:
У нас есть файловый сервер linux, работающий под управлением Samba (это позволяет подключаться к нему для Windows), установить сервер CVS, указать ваши установки Eclipse в каталоге CVS.
Не могу предложить гораздо больше информации, но я думаю, что CVS / файловый сервер на базе Linux (мы используем Ubuntu) и samba - лучший вариант.