Я не уверен, но звучит так, будто вы хотите, чтобы .NET Framework (или части, необходимые для вашего приложения) были включены в установщик, так что он на 100% автономен, да?
Я знаю, что приложения ClickOnce могут загружать .NET, если он еще не установлен, но это не помогает, если вы развертываете на компьютерах с ограниченным или отсутствующим сетевым подключением.
Насколько я понимаю, вы можете распространять фреймворк с вашим приложением:
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/xak0tsbd.aspx, но я никогда не делал это сам.
РЕДАКТИРОВАТЬ: исполняемый файл вашего приложения на самом деле не нужно устанавливать с установщиком (он будет запущен, если вы просто дважды щелкните по нему), но если вы включаете другие файлы (например, распространяемые. вам, вероятно, понадобится какой-нибудь инсталлятор.