Если numpy является опцией, вы можете просто изменить форму 1D-массива:
s = input().split()
n,m = int(s[0]),int(s[1])
arr = numpy.array(s[2:], dtype=int).reshape((n,m))
Вы можете вывести его как numpy массив
print(arr)
# array([[ 1, 2, 3, 4],
# [ 5, 6, 7, 8],
# [ 9, 10, 11, 12]])
или преобразовать во вложенный список
print(arr.tolist())
# [[1, 2, 3, 4], [5, 6, 7, 8], [9, 10, 11, 12]]