Это громкое «Может быть»
В главной ветке Mongoku в зависимостях указан драйвер узла mon go версии 3.2.2. По словам людей, MongoDB совместима с MongoDB до версии 4.0: https://docs.mongodb.com/drivers/driver-compatibility-reference#id11
Если ваш кластер Atlas имеет версию 4.0 или более раннюю, это должно работать нормально.
Если кластером является MongoDB версии 4.2, он может работать для большинства задач, но вам может потребоваться перестроить Mongoku с драйвером версии 3.3 или более поздней для обеспечения полной совместимости.