Как использовать пакет papaja R для вывода glht?

Question

Следуя инструкциям , я пришел к следующему:

library(papaja)
library(datasets)
library(stats)
library(multcomp)


bla <- glm('MPG.highway ~ DriveTrain*Origin',data = Cars93)
contrast.matrix <- rbind('main' = c(0,1,0,0,0.5,0), 'int' = c(0,0,0,0,1,0))
blac <-  glht(bla, linfct = contrast.matrix)
apa_print.glht(blac,test = multcomp::adjusted())
apa_print.summary.glht(summary(blac,test=adjusted(type="bonferroni")))

, который не работает: «Невозможно подмножество столбцов, которые не существуют. X Столбец p.value не существует »

Есть идеи получше? Или так как пакет экспериментальный, он пока вообще не работает? Также принимаются советы о том, как распечатать вывод glht в документ htlm, созданный knitr.

Answer 1

Документация по apa_print.glht() примечаниям

Эти методы не прошли надлежащую проверку и должны считаться экспериментальными.

Похоже, что были внесены некоторые изменения в исходную версию, которые в настоящее время вызывают сбой этого метода. Извини за это. Мы находимся в процессе переписывания многих внутренних компонентов apa_print(). Как только мы закончим, мы сможем решить эту проблему. На данный момент есть простое решение: преобразовать объект glht в объект emmeans, используя emm().

library("datasets") 
library("stats")
library("multcomp")
library("emmeans")

bla <- glm('MPG.highway ~ DriveTrain*Origin', data = Cars93)
contrast.matrix <- rbind('main' = c(0,1,0,0,0.5,0), 'int' = c(0,0,0,0,1,0))
blac <-  glht(bla, linfct = contrast.matrix)
blac_emm <- emm(blac)[[1]]

apa_print(blac_emm)

Answer 2

После установки последнего devel. версия papaja и запуск apa_print с объектом emmeans, такая же ошибка возникает и в моем случае:

Ошибка: невозможно создать подмножество несуществующих столбцов. x Столбец p.value не существует.