Ага! Я обнаружил, что есть несколько действительно старых веток, в которых файл все еще находится в HEAD, поэтому мне пришлось использовать --no-blob-protection. Конечно, сейчас я go и проверю эти ветки, поскольку знаю, что это на самом деле опасное действие, но, по крайней мере, bfg показывает мне эти ветки. Любым будущим поисковикам я бы посоветовал запустить с защитой, чтобы очистить все нормальные ветки - ЗАТЕМ запускать без защиты, чтобы вы получали ТОЛЬКО ветки, в заголовке которых есть файл (ы).