Я написал функцию, которая действует на каждую комбинацию столбцов входной матрицы. Он использует несколько циклов for и работает очень медленно, поэтому я пытаюсь распараллелить его, чтобы использовать максимальное количество потоков на моем компьютере.
Мне трудно найти правильный синтаксис для его настройки. Я использую пакет Parallel в октаве и пробовал несколько способов настроить вызовы. Вот два из них в упрощенной форме, а также непараллельная версия, которая, как мне кажется, работает:
function A = parallelExample(M)
pkg load parallel;
# Get total count of columns
ct = columns(M);
# Generate column pairs
I = nchoosek([1:ct],2);
ops = rows(I);
slice = ones(1, ops);
Ic = mat2cell(I, slice, 2);
## # Non-parallel
## A = zeros(1, ops);
## for i = 1:ops
## A(i) = cmbtest(Ic{i}, M);
## endfor
# Parallelized call v1
A = parcellfun(nproc, @cmbtest, Ic, {M});
## # Parallelized call v2
## afun = @(x) cmbtest(x, M);
## A = parcellfun(nproc, afun, Ic);
endfunction
# function to apply
function P = cmbtest(indices, matrix)
colset = matrix(:,indices);
product = colset(:,1) .* colset(:,2);
P = sum(product);
endfunction
Для обоих этих примеров я генерирую каждую комбинацию двух столбцов и конвертирую эти пары в массив ячеек, который должна разделить функция parcellfun. В первом я пытаюсь преобразовать входную матрицу M в массив ячеек 1x1, чтобы она передавалась каждому параллельному экземпляру в той же форме. Я получаю сообщение об ошибке: «C должен быть массивом ячеек», но это должно быть внутренним для функции parcellfun. Во втором я пытаюсь определить анонимную функцию, включающую матрицу. Ошибка, которую я здесь получаю, указывает, что cmbtest не определено.
(Естественно, фактическая функция, которую я пытаюсь применить, намного сложнее, чем здесь cmbtest)
Другие вещи, которые я пробовал :
- Поместите M в глобальную переменную, чтобы ее не нужно было передавать. Казалось, что невозможно поместить глобальную переменную в файл функции, хотя у меня могут быть проблемы с синтаксисом.
- Сделайте cmbtest вложенной функцией, чтобы она могла получить доступ к M (parcellfun не поддерживает это)
На данный момент у меня нет идей, и мне нужна помощь, чтобы выяснить, как заставить это работать.