Не рекомендуется хранить конфиденциальную информацию в Git репозитории (Github, gitlab, bitbucket, ...), даже если он частный. Потому что ваши коллеги могут видеть информацию о ваших паролях. Лучше использовать переменные.
Вы должны использовать зашифрованные секреты, здесь вы можете увидеть do c: Создание и хранение зашифрованных секретов
А затем автоматически c build создать версию бота с секретами и загрузить ее на сервер Heroku (или в обслуживающий каталог).