Вы можете использовать следующий код для объединения словарей:
Для Python версии 3.5 или новее вы можете выполнить:
x = { "123456" : {'2017-04-16': {'2298': 'yes','578' : 'no'}} }
y = { "123456" : {'2017-04-16': {'38': 'yes'}}}
newDict = {**x, **y}
Для Python версии 3.9 или более новые, вы также можете выполнить:
newDict = x | y
вместо newDict = {**x, **y}