Такая большая картина, цель состоит в том, чтобы создать объект даты из первой строки, а затем отформатировать дату во вторую строку.
datetime.strptime будет вашим лучшим друг здесь, вместе с datetime.strftime .
Ссылаясь на коды формата библиотеки , мы можем составить формат первой строки.
from datetime import datetime
# I don't know why your datetime doesn't conform to the 1989 C standard but I'm just truncating it
may_26 = datetime.strptime('26-MAY-20 03.43.48.861000000'[:-3], "%d-%b-%y %H.%M.%S.%f")
output = datetime.strftime(may_26, "%Y-%m-%d %H:%M:%S")
Я делаю для вас несколько предположений относительно форматирования, например, предполагаю, что ваше datetime в 24-часовом формате и так далее, так что обязательно проверьте сами.