Flask автоматически ищет CSS, JS и другие stati c файлы в вашем проекте root, в каталоге:
/static
Подробнее см. Flask docs здесь .
Хорошей практикой является разделение файлов stati c на подкаталоги, например:
/static/css
/static/js
В вашем примере поместите CSS по пути:
/static/css/style.css
Затем укажите это в своем HTML:
<link rel="stylesheet" href="/static/css/style.css">
Если вы используете шаблоны Jinja2, вы можете сделать, как описано в документации:
{{ url_for('static', filename='style.css') }}