Conda env и пакеты python - PullRequest
Новая
       65

Conda env и пакеты python

0 голосов
/ 09 мая 2020

Я новичок ie в conda, у меня лишь поверхностное понимание того, как это работает. Моей целью было установить программное обеспечение для аннотаций (черт возьми) с помощью conda. Conda была установлена ​​следующим образом: 

wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -O miniconda.sh && bash miniconda.sh -b -p $HOME/miniconda 
echo 'export PATH="$HOME/miniconda/bin:$PATH"' >> $HOME/.bashrc

Затем я создал среду, настроил каналы и установил свое программное обеспечение: 

conda create -n dammit python=3 
source activate dammit

conda config --add channels defaults 
conda config --add channels conda-forge 
conda config --add channels bioconda 

conda install dammit

Когда я попытался запустить основной сценарий, возникла ошибка произошло 

Traceback (most recent call last):
  File "./dammit", line 5, in <module>
    from dammit import app
  File "/home/up201505534/miniconda/envs/dammit/lib/python3.6/site-packages/dammit/app.py", line 13, in <module>
    from dammit import annotate
  File "/home/up201505534/miniconda/envs/dammit/lib/python3.6/site-packages/dammit/annotate.py", line 13, in <module>
    from shmlast.app import CRBL
  File "/home/up201505534/miniconda/envs/dammit/lib/python3.6/site-packages/shmlast/app.py", line 3, in <module>
    from doit.tools import run_once, create_folder
  File "/home/up201505534/miniconda/envs/dammit/lib/python3.6/site-packages/doit/__init__.py", line 33, in <module>
    from doit.doit_cmd import get_var
  File "/home/up201505534/miniconda/envs/dammit/lib/python3.6/site-packages/doit/doit_cmd.py", line 14, in <module>
    from .cmd_run import Run
  File "/home/up201505534/miniconda/envs/dammit/lib/python3.6/site-packages/doit/cmd_run.py", line 8, in <module>
    from .runner import Runner, MRunner, MThreadRunner
  File "/home/up201505534/miniconda/envs/dammit/lib/python3.6/site-packages/doit/runner.py", line 8, in <module>
    import cloudpickle
  File "/home/up201505534/miniconda/envs/dammit/lib/python3.6/site-packages/cloudpickle/__init__.py", line 7, in <module>
    from cloudpickle.cloudpickle import *
  File "/home/up201505534/miniconda/envs/dammit/lib/python3.6/site-packages/cloudpickle/cloudpickle.py", line 61, in <module>
    import typing
  File "/opt/lib/python2.7/site-packages/typing.py", line 624, in <module>
    AnyStr = TypeVar('AnyStr', bytes, unicode)

Похоже, проблема в пакете набора в python 2.7 библиотеках. Я установил typing.py с conda в чертовом окружении, однако возникает та же ошибка. Как я могу это исправить и вместо этого использовать "команду импорта" для поиска в dammit / lib / python lib?

Вот sys.path: 

['', '/opt/python', '/opt/lib64/python2.7/site-packages', '/opt/lib/python2.7/site-packages', '/opt/lib64/python3.7/site-packages', '/opt/lib/python3.7/site-packages', '/home/up201505534', '/home/up201505534/miniconda/envs/dammit/lib/python36.zip', '/home/up201505534/miniconda/envs/dammit/lib/python3.6', '/home/up201505534/miniconda/envs/dammit/lib/python3.6/lib-dynload', '/home/up201505534/miniconda/envs/dammit/lib/python3.6/site-packages']

и ПИТОНПАТ: 

/opt/python:/opt/lib64/python2.7/site-packages:/opt/lib/python2.7/site-packages:/opt/lib64/python3.7/site-packages:/opt/lib/python3.7/site-packages:
...