Вы можете легко выявить существующие индексы:
SELECT * FROM sys.indexes WHERE type_desc='CLUSTERED'
SELECT * FROM sys.indexes WHERE type_desc='NONCLUSTERED'
Когда вы говорите, что хотите «сгенерировать скрипт всех индексов в базе данных», почему? Ваш DDL должен создавать все индексы при создании таблиц.