Ваш вопрос действительно трудно понять. Я понял, что вы хотите вставить второй MSI-файл в ваш установщик и установить MSI после завершения установки основной MSI Это правильно?
Если это так, вы можете выполнить пользовательское действие, которое вызывает installUtil в msi. Возможно, есть лучший способ, но я давно работал с InstallShield.