Просто визуализируйте Markdown в HTML во время выполнения.
Если у вашего сайта проблемы с производительностью, Markdown будет одной из последних вещей, которые вы захотите настроить. И даже тогда, я сомневаюсь, что это будет иметь смысл.
Просто взгляните на рендерер JavaScript в реальном времени, который использует SO. Это быстро.
Edit:
Извините, мне следовало быть более ясным. Я имел в виду просто рендеринг в PHP. Вы избавите себя от головной боли - и, возможно, у вас есть более важные поводы для беспокойства.